In dem Gebiet, das nach dem Münchener Abkommen an Deutschland abgetreten wurde, gehörten deutsche Antifaschisten zu den ersten Opfern des Naziregimes. Bereits im Oktober 1938 wurden mehr als zehntausend Menschen verhaftet, von denen ein Teil in Konzentrationslagern endete. Nazigegner wurden während der gesamten Zeit der Okkupation verfolgt. Sie beteiligten sich vornehmlich an der Verbreitung antinazistischer Flugblätter und leisteten Kriegsgefangenen und Zwangsarbeitern Hilfe. Bedeutende illegale Gruppen entstanden z.B. unter der Leitung des ehemaligen Bürgermeisters von Ústí nad Labem (Aussig), Leopold Plötzl, und des Sekretärs der kommunistischen Gewerkschaften von Karlovy Vary (Karlsbad), Valentin Meerwald. Zu den Regimegegnern gehörten auch einige katholische Geistliche einschließlich des Bischofs von Litoměřice, Anton Alois Weber.
Eine Reihe von sudetendeutschen Antifaschisten floh vor der nazistischen Gefahr ins Exil. Kommunisten gingen vornehmlich in die Sowjetunion und nach Großbritannien, wo sie dann meistens in den Reihen der Kommunistischen Partei der Tschechoslowakei tätig waren. Deutsche Sozialdemokraten gingen vorzugsweise nach Großbritannien, Schweden und Kanada. Der ehemalige Vorsitzende der Deutschen Sozialdemokratischen Arbeiterpartei, Wenzl Jaksch, schloss sich jedoch mit der Mehrheit seiner Anhänger nicht dem tschechoslowakischen Auslandswiderstand in London an, im Gegensatz zur zweiten sozialdemokratischen Gruppe, die vom ehemaligen Mitglied des Vorstandes der Deutschen Sozialdemokratischen Arbeiterpartei, Josef Zinner, geleitet wurde.
Eine Reihe von tschechoslowakischen Bürgern deutscher Nationalität diente in den tschechoslowakischen Auslandstruppen, vornehmlich im Westen oder in den Armeen der Alliierten. Weitere deutsche Antifaschisten kämpften in Partisanenabteilungen oder erfüllten verschiedene Nachrichtenaufgaben im Feindesgebiet.